Un commissaire du Gouvernement, désigné par le Premier ministre, siège auprès de la commission. Des commissaires adjoints peuvent être désignés dans les mêmes conditions.

Le commissaire du Gouvernement assiste à toutes les délibérations de la commission réunie en formation plénière ou en formation restreinte, ainsi qu'à celles des réunions de son bureau qui ont pour objet l'exercice des attributions déléguées en vertu de l'article 16 ; il est rendu destinataire de tous ses avis et décisions.

Il peut, sauf en matière de sanctions, provoquer une seconde délibération, qui doit intervenir dans les dix jours de la délibération initiale.